公元1644年，清朝定都北京，进而统一中国。清朝循历史定例在西藏行使主权，只要前朝所封官员进送旧朝印信、改授新朝印信，其原有地位不变。1652年，五世达赖喇嘛应召到北京觐见顺治皇帝，次年受到清朝正式册封，达赖喇嘛的封号和其在西藏的政教地位遂正式被确定下来，此后历辈达赖喇嘛须经中央政府册封遂成定制。

　　清朝对西藏的施政管理，在总结元明两朝治藏经验的基础上，根据实际情况和形势变化作了重大而全面的调整，例如：设置驻藏大臣总揽全藏；调整西藏地方的政教管理体制；赐封达赖喇嘛、班禅额尔德尼名号；确立西藏地方涉外事务、边境国防的决定权归中央等原则。