1271年蒙古大汗忽必烈定国号为元，乌思藏（今西藏拉萨、日喀则、阿里等地）成为统一的多民族的大元帝国的一部分，正式纳入中国版图。

　　元朝统一中国后，根据藏族地区的实际情况，采取了一系列影响深远的施政措施：

　　——首次设置负责管理西藏事务的中央机构总制院（1288年改称宣政院）。宣政院使（主管官员）一般由丞相兼任，副使由帝师举荐的僧人担任。

　　——任用藏族僧俗担当从中央到地方的高级官吏。

　　——划分西藏地方行政区域。在乌斯藏设立了13个万户府和若干个千户所，并征收赋税。